Zahŕňa samoštúdium a teoretickú prípravu z oblasti lekárenstva, farmakológie, technológie liekov, farmakognózie, a nových trendov vo vývoji a analýze liekov v trvaní troch týždňov (120 výučbových hodín rozdelených do troch jednotýždňových špecializačných kurzov, v každom roku štúdia jeden). Nácvik techník komunikácie absolvuje uchádzač ako separátny kurz v rozsahu 40 hodín. Spolu uchádzač absolvuje 160 hodín teoretickej prípravy (4 týždne x 40 hodín).

Praktická časť a uskutočňuje v rámci odbornej praxe v nemocničných lekárňach, vo verejných lekárňach, ich pobočkách a v zariadeniach ústavnej zdravotnej starostlivosti a trvá najmenej 36 mesiacov. Vedúci pracoviska alebo ním poverený pracovník (externý školiteľ), na ktorom sa uskutočňuje odborná prax uchádzača, musí mať špecializáciu v špecializačnom odbore lekárenstvo. Ak príslušné pracovisko nevykonáva všetky pracovné činnosti uvedené v praktickej časti špecializačného študijného programu, môže sa časť odbornej praxe vykonať na akreditovaných špecializovaných pracoviskách alebo vo výučbových zdravotníckych zariadeniach vzdelávacej ustanovizne v dĺžke najmenej jedného týždňa pre každú odborne ucelenú časť špecializačného štúdia osobitne (oddelenia nemocničných lekární, výrobne infúznych roztokov, laboratóriá kontroly liekov).

V Univerzitnej lekárni a na pracoviskách FaF UK je možné v rámci školiacich miest (podľa dohody jedno- až dvojdňových špecializačných seminárov), na ktoré sa môžu uchádzači prihlásiť a individuálne dohodnúť, získať praktické skúsenosti a zručnosti, ktoré ich pracovisko nevykonáva a ktoré potrebujú získať pre získanie špecializácie.

Súčasťou praktickej časti je sústredenie pred špecializačnou skúškou v Univerzitnej lekárni a na pracoviskách FaF UK so zameraním na precvičenie praktických zručností a skúseností s prihliadnutím na odbornú prax v lekárňach.

Špecializačné štúdium sa ukončí špecializačnou skúškou pred komisiou.