Laboratórium chemických a biologických informačných systémov a technológií

Zameranie:

Laboratórium využíva HPC pozostávajúce z 8 výpočtových nodov a na každom sú dva štvorjadrové CPU. Na HPC je nainštalovaný kompletný Schrödinger Suit:

MacroModel, LigPrep, Liaison, MINTA, QikProp, Strike, Epik, ConfGen, Impact, SiteMap, Jaguar, Jaguar pKa, Glide, Prime, QSite, CombiGlide, Phase, XP Visualizer. Je zamerané na molekulové modelovanie a predikciu vlastností nových látok a systémov.

Prislúchajúce priestory:

Serverovňa (HPC)

Počítačové laboratórium (PC) - č. 15, 16

 Stručná charakterizácia metód a techník:

Predikcia vlastností ADMET

Virtuálny skríning:

  • 2D/3D QSAR
  • farmakofórové modelovanie
  • molekulové kotvenie

Predpovedanie väzobnej afinity:

  • MM/GBSA
  • FEP
  • Lineárna aproximácia interakcií

Analýza, predikcia a úprava cieľových makromolekúl:

  • úprava kryštálovej štruktúry proteínov
  • Homológne modelovanie
  • Identifikácia väzobných miest

Nástroje na prípravu, analýzu, filtrovanie a konformačnú analýzu ligandov, ako aj na projektovanie knižníc ligandov

Nástroje na QM výpočty v izolovanom stave ako aj v roztokoch, MM/MD simulácie, hybridné QM/MM výpočty